История фразеологизма «шарашкина контора» происходит совсем не от фамилии человека. Основой словосочетания выступает слово «шарашка» — то есть производное от «шарань». Так ранее называли жуликов, воров, грабителей и прочих «маргинальных личностей».
А словом «шарашка» стали называть группу таких элементов. Так вот и получается, что «шарашкина контора» — это сомнительное предприятие, организованное жуликами, или плохо организованное производство, на котором царит хаос. В этом же значении фразеологизм используется и сейчас.
В годы СССР же словосочетание обрело популярность в ином смысле. «Шарашкиными конторами» на тюремном сленге стали называть научно-исследовательские институты, в которых в годы сталинских репрессий работали талантливые ученые и инженеры, осужденные за разные выдуманные провинности. Например, авиаконструктор Туполев А.Н. и создатель первого космического ракетоносителя Королев С. П. Из таких людей создавались научные коллективы и помещались в отдельные здания. Работая на государство, они могли быстро искупить свою вину. Вот такие конторы и назывались «особыми конструкторскими бюро», а если выражаться на жаргоне — «шарашками».
Кстати, от слова «шарань» произошли слова «ошарашить» — то есть удивить, «шарахнуть» — очень сильно ударить и конечно, любимое студенческое «шарага».
Впрочем, достоверно сказать про «шарагу» нельзя, многие считают, что понятие произошло от французского «charrette» — «распределение заданий». Тут уж каждый сам решает, учиться ему в «шараге» или в «charrette»!